サンチャゴ要塞はイントラムロスの要所、パシッグ川がマニラ湾へ注ぐ地点にあります。異なる政権がここを軍事拠点に使った理由は地形にありますが、歴史は石壁より前にさかのぼります。イントラムロス管理局によると、1571年のスペイン要塞はラジャ・スライマンのマイニラ集落にあった柵を置き換えました。つまり、この場所はマニラの水辺と政治権力の変化を映す、より長い歴史の一部です。
初期のスペイン側の防御施設は木と土で造られ、1574年のリマホンの攻撃で破壊されました。その後1589～1592年に石造の要塞が建てられ、1645年の地震による損傷後に修復・拡張されました。こうした年代を知ると、現在の壁を一度に完成した建築と見ることはできません。戦闘、再建、変わる軍事需要を経て形を変えた防御施設です。