「フィラエ」という名は二つの場所に結び付いています。ナイル川にあった元の島と聖域を指す一方、現在、よく知られた神殿群が建つのは、その近くのアギルキア島です。エジプト観光・考古省は、イシス神殿を中心に、周辺の聖所、門、列柱廊を含む遺跡群として紹介しています。川辺の環境も見学の一部です。岸から船で島へ渡るため、最初の塔門を目にする前に島の姿を眺められます。
中心となるイシス神殿は、紀元前285~246年に統治したプトレマイオス2世フィラデルフォスの時代に建設が始まり、ホルスの母イシスに捧げられました。壁面の浮彫には、神の誕生やイシス、オシリス、ホルスにまつわる物語が表されています。神殿群は一度に造られたのではありません。建物の大半はプトレマイオス朝時代のものですが、ローマ皇帝なども増築や改修を行いました。オーストリア科学アカデミーによれば、現存する建築群は紀元前4世紀末から紀元後2世紀に及び、さらに古い祭祀の痕跡もあります。