マヌー国立公園はペルーのクスコ県とマドレ・デ・ディオス県にまたがり、アンデス東斜面からアマゾン低地までの連続した生態系を守る。現在の世界遺産区域は約171万6,000ヘクタールで、高地草原、雲霧林、ユンガの森、低地熱帯雨林を含む。 園内の標高は数百メートルから4,000メートル以上まで変化する。気温、降水、土壌、斜面条件の違いが複雑な生息環境をつくる。山地の急流はマヌー川へ集まり、川は低地林を蛇行して保護区南端でマドレ・デ・ディオス水系へ合流する。
